最初の言い方は、「あなたの部屋の準備ができているので、チェックインができる」というニュアンスが表現しています。ビジネス系の英語は普段日本語の敬語より直接感があります。簡単だけではなく、意味もちゃんと伝わってくるので、この言い方をお勧めします。
二つ目の言い方は原文「お部屋はすでにご用意できております」と近い言い方です。勿論この言い方も間違っていないので、ご自由に利用してください。しかしながら、二つ目の言い方を使用したら、流れは下記になっています。
Your room has already been prepared. You can now check in.
ご参考になれば幸いです！
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Your room is ready.
とすると、「お部屋はすでにご用意できております」となります。
例文：
Welcome! Your room is ready whenever you’d like to check in.
とすると、「ようこそ！[ご都合の良い](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/9582/)時にいつでもお部屋をご利用いただけます」となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
room 部屋
ready 準備ができている
check-in チェックイン
welcome ようこそ
参考になれば幸いです。
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