日本語は「食べていないと思った」という言い方をしますが、英語は「食べたと思わなかった」という文法で同じことを伝えます。「I didn't think」はとてもよく使いますが、日本語に直す時はより自然な日本語にするために「食べていないと思った」と訳します。
I didn't think that you ate during work.
（仕事をしている間、食べていないのかと思った）
during work ＝ 仕事をしている間
I didn't think that you ate ＝ 食べていないのかと思った
実際には空いた時間にさっと食べているのだそうです。⬇︎
Apparently he/she takes a short break to eat.
I thought you usually skipped meals and kept working through your lunch break.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI thought you usually skipped meals and kept working through your lunch break.
「昼休みをご飯食べないで働き続けているのかと思った」
to skip meals で「ご飯を抜く」
to keep working「働き続ける」
ご参考まで！
アメリカ合衆国 
カナダ 
