①I thought you'd miss me.
thought→think（思う、考える）の過去形
you'd→you wouldの略
"I miss you"は「あなたに会えなくて寂しい」という意味なので、
上記例文は「私に会えなくて寂しがっていると思った」になります。
②Didn't you miss me?
「私に会えなくて寂しくなかったの？」
"You didn't miss me?"と言い換えると、嫌味っぽさが増します。
お役に立てれば光栄です。
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
I figured you must be feeling lonely.
や
I thought maybe you’re feeling a bit lonely.
とすると、「あなたが[寂しい](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/36344/)と思ってると思った」となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
I thought ～ ～だと思った
feeling lonely 寂しいと感じている
leave someone feeling lonely ～に寂しい思いをさせる
参考になれば幸いです。
日本 
