I will tell him instead that the train was delayed.
「上手く言うこと＝事実を伝えず、代わりに他のことを伝えること」なので、instead（代わりに）という単語が使えます。
フレーズ：I will tell him instead that...＝～を代わりに伝える
例：
I will tell him instead that the train was delayed.=代わりに電車が遅れたと伝えておくね。
是非参考にしてみてください。
I'll come up with some kind of good excuse for the boss.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーDon't worry, I'll come up with some kind of good excuse for the boss.
「大丈夫、上司にはうまく言っとくから」
I'll come up with some kind of good excuse for the boss.「上司には何か良い言い訳を見つける」＝「上司にはうまく言っておく」と言えます。
ご参考まで！
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