Distinction and discrimination are not same.
区別と差別は同じではない。
Distinction is different from discrimination.
区別は差別とは違う。
「違う」ということを強調したい場合は、下の文章の方が良いかなと思います。
There's a difference between discrimination and differentiation.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーThere's a difference between discrimination and differentiation.
「差別と区別には違いがある」=「差別と区別は違う」
discrimination「差別」
differentiation 「区別」
ご参考まで!