「常識」は通常、common senseと訳されますが、英語でいうcommon senseは日本で言う「常識」よりは言葉の意味が狭く、「マナー」に近い「否定しちゃいけないもの」なので、それをいい意味で否定することはまずありません。
なので、この場合はconventional thinking (従来の発想)と読み替えた方が正しく伝わると思います。
「業界の常識」というような場合はrulesを使うのもいいでしょう。
例えば、The new product broke the rules of the industry. (新製品は業界の常識を破った)。
What I thought was common sense wasn't really common sense at all.
What I thought was logical was actually illogical.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーWhat I thought was common sense wasn't really common sense at all.
「常識だと思ってたことが全然常識ではなかった」=「常識がひっくりかえされた」
ーWhat I thought was logical was actually illogical.
「筋が通っていると思ってたことが実際は常識から外れていた」
logical と illogical を使っても表現できます。
ご参考まで!