ここで使われている shelter は不可算名詞なので、a や the をつける必要はありません。なので They found shelter in a derelict warehouse. という文は正しいです。
次の例文のように何のシェルター(または誰のためのシェルター)なのか話している場合は a shelter のように言えます。
ーThe church built a shelter for the homeless on the end of their church building.
「その教会は教会の端にホームレスのための収容施設を建てた」
ご参考まで!