例えば、"Are there any parts you think are unclear?" と言えると思いますが、この"you think are unclear"の節がどうしても分かりません。
どうして[主語] [一般動詞] [Be動詞] [形容詞]. の語順になるんですか？
何か省略されているんでしょうか。
Are there any parts you think are unclear? に省略されている関係代名詞の that を入れてみるとわかりやすいかもしれません。
Are there any parts that you think are unclear?
ここの are unclear は最初の Are there any parts にかかっています。
なので、Are there any parts that are unclear? だけでも通じます。
ご参考まで！
カナダ 
