There was some kind of trouble with the shipment, it was three days late arriving.
この場合、次のような言い方ができます。
ーThere was some kind of trouble with the shipment, it was three days late arriving.
「発送で何かトラブルがあって、届くのが3日遅れた」
There was some kind of trouble「何かトラブル・問題があった」
shipment「発送」
最後の部分と次のように言うこともできます。
ーit got here three days later than I thought it would.
「思っていたより3日遅く届いた」
ご参考まで!