I'm sure that he is thinking "why am I here?" at this moment.
ご質問ありがとうございます。
① "He is surely thinking now 'why am I here?'"＝「彼はきっと『なぜ俺はここに居るのだろう』と今、考えている。」
② "I'm sure that he is thinking 'why am I here?' at this moment."＝「彼は『なぜ俺はここに居るのだろう』とこの瞬間、必ず考えていると私は思う。」
ご参考に。
He might be thinking to himself "what am I doing in this place?".
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーHe must be wondering "what am I doing here?".
「彼は『俺はここで何をしているんだ？』ときっと思っているに違いない」
ーHe might be thinking to himself "what am I doing in this place?".
「彼は『俺はここで何をしているんだ？』と心の中で思っているかもしれない」
ご参考まで！
アメリカ合衆国 
カナダ 
