ご質問ありがとうございます。
「基本的に」はbasicallyです。他の言い方はfundamentallyです。
「差」はdifferenceとかgapなどと言えます。野生動物の話では複数形になりますので、differencesを使っています。
例文:There are slight individual differences between wild animals, but they are fundamentally very alert.
ご参考になれば幸いです。
「差はあれど、基本的に」という表現を英語にする際には "There are variations, but generally..." というフレーズを使うことができます。
例文として、
"Wild animals have individual variations, but generally they are cautious."(野生動物は個体差があるが、基本的に警戒心が強い。)
"The students at this school have differences, but generally they are all excellent."(この学校の生徒は差はあれど、基本的に皆優秀だ。)