果物や野菜についてMade in Japanは通じますが、あまり言わないです。無機物な製品感があるのは正しいですね。
農家が作った果物や野菜を入れる箱に、英語でProduct of Japanで表現できます。productは厳密にいうと「製品」という直訳になりますが、made in Japanより幅広く使われていて果物や野菜についても使われています。
Produce of~という表現もありますね。produceは果物・野菜という意味です。Product of~ほど使われていないですが、違和感なくこれも使えます。
ご参考になれば幸いです！
"Grown in Japan"
"Product of Japan"
果物や野菜の場合は「Grown in Japan」が適切です。"Grown in" は「〜で育った」という意味で、生鮮食品に適用される表現です。
類似表現には以下があります：
・"Product of Japan"
「日本製」や「日本産」という意味ですが、生鮮品にも使える表現です。
アメリカ合衆国 
