There was too much fat in the stir-fry I ate, and now I have a sore stomach.
The stir-fry I had was too fatty, and made my stomach hurt.
to take in で「体内に取り込む・摂取する」と言えますが、この場合は次のように言った方が自然だと思います。
ーThere was too much fat in the stir-fry I ate, and now I have a sore stomach.
「食べた炒め物が脂っこくてお腹が痛い」
stir-fry で「炒め物」
to have a sore stomach で「腹痛がする」
ーThe stir-fry I had was too fatty, and made my stomach hurt.
「食べた炒め物が脂っこくてお腹が痛くなった」
fatty で「脂肪過多の」
to make one's stomach hurt で「お腹を痛くする」
ご参考まで！
I had too much oil, and now I feel a bit of a stomach ache.
「I had too much oil, and now I feel a bit of a stomach ache.」は、「油を取りすぎて、なんかお腹痛くなってきた」という意味です。
"had too much oil" は、食事で油を摂りすぎた状況を表し、"now I feel a bit of a stomach ache" で、お腹が痛くなってきたという状態を説明しています。
他の表現例として、
・I think I ate too much greasy food, and now my stomach's upset.
『油っぽい食べ物を食べすぎたみたいで、お腹が痛いです。』
カナダ 
アメリカ合衆国 
