ご質問ありがとうございます。
・I guess we have to wait for it to heal naturally.
＝「自然に治るのを待つしかないみたいだね。」
（例文）I have muscle pain but I guess I have to wait for it to heal naturally.
（訳）筋肉痛だけど自然に治るのを待つしかないみたいだね。
・All we can do is wait for it to heal naturally.
＝「私たちにできる事は自然に治るのを待つぐらいです。」
（例文）All we can do is wait for it to heal naturally. Drink lots of water and get plenty of rest.
（訳）私たちにできる事は自然に治るのを待つぐらいです。お水を沢山飲んで休んでください。
お役に立てれば嬉しいです。
Coco
「自然に治るのを待つしかない」という表現は、「I just have to wait for it to heal naturally」と言います。"just have to" は「〜するしかない」という意味で、避けられない状況を示します。"heal" は「治る」、"naturally" は「自然に」という意味です。
役に立ちそうな類似表現
I need to let it heal on its own.
We just have to let time do its work.
日本 
アメリカ合衆国 
