It makes you feel like you have studied harder to take a shorter rest instead of a longer one.
"休憩が短い方が勉強をした気になる"
使役動詞 make を使って表現してみました。
~のような気がする feel like ~
またわかりやすいように、instead of a longer one(より長い休憩の代わりに) と最後に表現しています。
仮主語 it は to take a shorter rest instead of a longer one
It makes you feel like you have studied harder to take a shorter rest instead of a longer one.
I feel more accomplished in my studies when the breaks are shorter.
「休憩が短い方が勉強をした気になる」と伝えるには、「I feel more accomplished in my studies when the breaks are shorter」と言えます。
"feel more accomplished" は「より達成感がある」といった意味です。
"when the breaks are shorter" は「休憩が短いとき」という意味です。