毎日のように朝起きると体が痛い、と言うなら現在形を使って言うと良いでしょう。
He says that when he wakes up in the morning, his entire body hurts.
次のようにも言えます。
ーWhen he gets up, he says he's in pain all over.
「彼は起きると体中が痛いと言っている」
to be in pain all over で「体中が痛い]
ーWhen he wakes up, he says his whole body aches.
「彼は起きると体全体が痛むと言っている」
to ache で「痛む・うずく」
ご参考まで！
When he wakes up in the morning, his whole body hurts.
"When he wakes up in the morning" は「彼が朝起きるとき」の意味です。"wakes up" は「目を覚ます」の現在形です。
"his whole body hurts" は「彼の体全体が痛い」を意味します。ここで "whole body" は「体全体」を示し、"hurts" は「痛む」という動作を表します。
He told me that in the morning, after sleeping on the new mattress, his entire body hurts.
カナダ 
アメリカ合衆国 
