最初の言い方は、He doesn’t seem to be the type to use Line. は、彼はラインのやりとりとかはもともと好きじゃなさそうタイプと言う意味として使われていました。
最初の言い方では、doesn’t seem は、なさそうと言う意味として使われています。to be the type は、タイプと言う意味として使われていました。
二つ目の言い方は、He doesn’t seem to love the app Line. は、彼はあまりラインのアプリが好きじゃないみたいと言う意味として使われています。
二つ目の言い方では、seem to love は、好きみたいと言う意味として使われていました。
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I don't think he has ever liked doing messages or calls on LINE.
この場合、次のような言い方ができます。
ーI don't think he has ever liked doing messages or calls on LINE.
「彼はもともとLINEでメッセージやコールをするのが好きじゃないと思う」
もともと好きじゃないことは I don't think he has ever like ... のように表現することができます。
ご参考まで！
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カナダ 
