「パズルをバラバラにする」は
to separate the pieces of a puzzle
これはパズルのそれぞれのピースをバラバラに離していく意味にも取れますし、バラバラにしたピースを例えば色ごとに分けていく意味にも取れます。
to mess up all the pieces of a puzzle
こちらは単にパズルのピースをバラバラに崩していく感じです。
例:
Are you messing up all the pieces of the puzzle?
「パズル、バラバラにしてるの?」
ご参考まで!