こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
『マージン何パーセント取りますか』は、
いくつか言い方が考えられますが、この場合は、
What percentage should our profit margin be? として
『マージンは何パーセントにすべきでしょうか』と言えます。
また、『手数料はどのくらいにいたしますか』と聞きたい場合は、
How much should we charge for commissions? と言えますね！
メモ
profit margin 利鞘、利益幅
commission 代理人や販売員への手数料、歩合
参考になれば幸いです。
おっしゃられている内容は、意訳にはなりますが、
How much commission should we charge?
「我々は、いくらくらいの販売手数料を請求すべきですか？」
のように表現しても良いと思います(*^_^*)
commission「製品が売れた量に応じて販売業者が受け取る販売手数料」
charge「請求する」
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
★★大阪カフェレッスン英会話講師KOGACHI
**What percentage margin should we apply?**
**How much margin are we adding?**
このような文脈では **margin（マージン）** を 使います。
- **What percentage margin should we apply for this quote?**
この見積に対して、何パーセントのマージンを加えましょうか？
- **How much margin do you want me to include?**
どのくらいのマージンを含めればよろしいですか？
日本 
アメリカ合衆国 
