最初の言い方は、Not all but some are は、全部じゃないけど中にはあるよと言う意味として使われていました。
最初の言い方では、Not all は、全部じゃないけどと言う意味として使われています。but some are は、中にはあるよと言う意味として使われていました。
二つ目の言い方は、Not necessarily every one of them but some are は、全部そうとは限んないけど、中にはそういうのもあるよと言う意味として使われています。
二つ目の言い方では、Not necessarily は、限んないけどと言う意味として使われていました。every one of them は、全部と言う意味として使われています。
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I don't think all meetings are a waste of time, but there are some things that don't need to be discussed.
この場合、次のような言い方ができますよ。
A: Do you think meetings a waste of time?
「会議は時間の無駄だと思う？」
B: I don't think all meetings are a waste of time, but there are some things that don't need to be discussed.
「すべての会議が無駄だと思わないけど、中には議論する必要のないものもある」＝「中には無駄な会議もある」
ご参考まで！
アメリカ合衆国 
カナダ 
